Sampai saat ini tidak jelas siapa yang membangun candi ini dan kapan dimulai dan selesainya. Karena hampir semua relief di Candi Borobudur menceritakan tentang agama Buddha, bukan tentang keadaan masyarakat, pemerintahan atau nama kerajaan Buddha yang memerintah wilayah Magelang saat itu.
Alasan candi ini dibangun sekitar abad ke-8 adalah karena jenis tulisan yang terdapat di dasar candi. Kedudukan naskah tersebut adalah tentang kisah Karmawhibhanga, serta gaya penulisan dan bahasa yang benar berdasarkan penelitian pada abad ke-8 M yang banyak digunakan di daerah Magelang.
Selain itu, jika melihat sejarah pembuatan prasasti yang dibuat oleh kerajaan lain, tulisan-tulisan ini memiliki banyak kesamaan dengan yang mereka buat. Hal ini dikarenakan prasasti tersebut lebih banyak menjelaskan tentang keadaan kerajaan yang menciptakannya dibandingkan dengan penjelasan lainnya. Inilah yang sering menjadi titik awal sejarah Candi Borobudur.
Pada saat yang sama, di Jawa Tengah, khususnya di wilayah Magelang, terdapat sebuah kerajaan yang diperintah oleh keturunan dari Syailendra. Padahal dinasti tersebut diperkirakan menguasai wilayah Magelang sekitar tahun 760 hingga 830 M.
Dilihat dari proses pembangunan hingga selesainya pembangunan candi ini, diperkirakan akan selesai dalam waktu sekitar 75 hingga 100 tahun. Waktu yang lama untuk menyelesaikan pekerjaan. Kemungkinan candi ini telah selesai dibangun dan dapat digunakan untuk ibadah umum pada masa pemerintahan Raja Samaratungga yang wafat sekitar tahun 825 Masehi. setuju.
Akhir dari pembangunan candi ini sudah jelas yaitu sekitar tahun 825 M, namun pendirian dan siapa yang memulai pembangunan Candi Borobudur masih menjadi pertanyaan besar yang belum terjawab oleh para sarjana dan sejarawan. Informasi valid dan hasil penelitian cukup lama menyebutkan jika candi ini dibangun saat masa Syailendra.
Awalnya, bahkan tidak jelas apakah candi ini dibangun untuk ibadah Hindu atau Buddha, karena dinasti Syailendra yang berkuasa sebelumnya menganut budaya dan agama yang berbeda, yaitu Hindu Siwa. Para sarjana juga menggambarkan transisi dari Hinduisme ke Buddhisme.
Selain Candi Borobudur, candi-candi besar lainnya dibangun pada saat yang bersamaan, seperti candi Hindu dan Buddha yang dibangun di sekitar kawasan Kedu, sebuah dataran tinggi di sekitar kawasan Borobudur. Bahkan di dekat kompleks candi Budha ini terdapat sebuah candi Hindu Shiwalingga, sehingga terdapat dua bangunan candi yang berbeda agama hampir bersamaan.
Sejarah Candi Borobudur juga agak terkait dengan Candi Prambanan karena kedua candi ini mungkin dibangun pada waktu yang sama, tetapi Borobudur menyelesaikan pembangunan yang direncanakan sebelumnya.